健太が詳細を聞こうとした時、施設−I.N.E.T.の拠点であるデジタルセンターを激しい衝撃が襲い、ついでこの世のものならざる異形の存在が襲 撃してきた。混乱の中、同じ高校の「デジタル研究会」部員たちと落ち合った健太を前に、I.N.E.T.の指導的科学者・久保田衛吉が告げる-異形の存在 は「ネジレジア」という異次元からの侵略者であり、君たちはI.N.E.T.が組織したデジタル戦士・メガレンジャーとして、ネジレジアの侵攻から地球を守るべく選ばれた-と。例のゲームはメガレンジャー候補のための訓練用シミュレータだったのだ。

好奇心からメガレンジャーになることを応諾した健太たちであったが、それは地球防衛の任務と、卒業を1年後に控えた高校生活との、熾烈な二重生活の始まりを意味していた。